
Kanyaró Ferenc 1899-ben a Keresztény Magvetőben egy cikket jelentetett meg „Az első székely iskolamester” címmel. Kanyaró szerint a kolozsvári Unitárius Kollégium birtokában írásos bizonyíték van arra, hogy 1568-69-ben már létezett az első iskolaigazgató Székelykeresztúron. E dokumentum az 1568-ban készült colligátum, amely két, Méliusz Juhász Péter tanait támadó vitairatot tartalmaz. Az egybekötött mű mindegyikében egy-egy Marosi Synnig Jánostól - 1568-ban keresztúri unitárius pap - származó dedikáció olvasható.

nevelkedéseket, melyet ugyan causált a fenn forgott esztendőknek mostohaságok nagyobbára, melyek mind az csendes életet, melyet a stúdiumok kívánnak, mind pedig az nervüsokat igen megrángatták... Végeztük, hogy ha többet nem is, de egy celebris Scholát erigálnánk ez Hazának közepette (gondolnák Székely-Keresztúrra) hová mindenfelől az ifjúság elérkezhetnék...Lenne ezen Scholának in humanioribus az mint szokták mondani tanítója ecclesiaticus in politicus et juridicialibus verő politicus, kiknek is tisztességes fizetés volna...". Az iskola elindítása azonban nem sikerült a Habsburg-uralom unitáriusokkal szembeni ellenséges magatartása miatt.
1841-ben a korondi zsinaton elfogadott, Brassai Sámuel által javasolt oktatási reformnak köszönhetően iskolánkban is anyanyelven folyt a tanítás.
Tekintettel a gimnázium sajátosságára, hogy Erdély egész területéről iskolázta be diákjait, a XX. század elején már túlzsúfolttá lett a gimnáziumi épület, így elhatározták egy új épület felépítését, miközben igyekeztek az iskolát főgimnáziummá fejleszteni. Így a főhatóság 1912-ben 35 000 koronával megvásárolta a gimnázium tőszomszédságában levő 3 hold 1084 négyszögöl területet, majd pályázatot hirdetett az új iskola felépítésére. Pap Mózes igazgató idejében két év alatt készült el az új épület Pákei Lajos tervei alapján, amint azt a gimnázium bejáratánál levő emléktábla szövege is igazolja:
1948-ban a „tanügyi reform” következtében a kommunista államhatalom bezáratta az iskolát (állami iskolát hozott létre helyébe), az épületet államosította és a Gimnázium rendkívüli értékű könyvtárát elhurcolta.
Az Unitárius Egyház 1992. december 2-3-án Magyarsároson tartott Zsinati Főtanácsa elhatározta, hogy az 1993/1994-es tanévtől kezdődően újraindítja az 1948-ban önkényesen bezáratott iskoláit, így az említett tanévtől kezdődően újjáalakult a székelykeresztúri Unitárius Gimnázium, Fekete János iskolaigazgató irányítása alatt.
A kezdetben csak líceumi osztályokból álló iskola fokozatosan építkezett, így mára elemi szinttől líceumi szintig fogadja az itt tanulni szándékozó diákokat.
2003-tól kezdődően az iskola igazgatója Varró Margit lett, akinek igazgatósága idején az iskola kialakította a saját tanári karát, valamint 2005 január 1-től önálló jogi személyiségi státuszt kapott.
2004. áprilisában és júliusában az Erdélyi Unitárius Egyház visszakapta és tulajdonába vehette az egykor önkényesen elvett épületeit, így az Unitárius Gimnázium saját épületeiben működhet tovább, igyekezvén mindig megfelelni az ősök által megállapított jelmondatnak: „Musis et virtutibus” – „Egy véka tudomány mellé egy köböl erkölcsöt.”
2006-ban az iskola megpróbálta újból felvenni a „Báró Orbán Balázs Unitárius Gimnázium” nevet, de a hivatalos állami hatóság (Tanfelügyelőség) ezt nem engedélyezte, arra hivatkozva, hogy a városban már működik egy, az Orbán Balázs nevét viselő tanintézmény. Ennek tükrében, 2006. december 21-én az iskola Vezetőtanácsa megszavazta a Berde Mózes Unitárius Gimnázium név felvételét, így próbálva méltó emléket állítani annak, aki egykori diákként életével és adományával kiérdemelte „az unitárius jótevők fejedelme” címet. A szükséges engedélyeztetési folyamat végén a Tanügyminisztérium 31104/02. 11. 07-es Miniszteri Rendeletével jóváhagyta a Berde Mózes Unitárius Gimnázium név használatát. A névadó ünnepségre 2008. május 17-én került sor, mely alkalomra megújult a főépület frontja és megjelent a Berde Mózes Unitárius Gimnázium felirat az épület homlokzatán.
2007 nyarán az iskola visszakapta a bentlakás és étkezde működtetésének jogát és egy hatalmas feljavítási munkálatot követően a 2007/2008-as tanévet már a saját bentlakásunkban kezdhették meg tanulóink.
Iskolánk volt növendékei közül tisztelettel emlékezünk meg olyan hírességekről, mint Tarcsafalvi Szilveszter György jeles teológus professzor; Nagyajtai Kovács István körtanácsos, neves történész; Szentmiklósi Tiboldi István népköltő; Aranyosrákosi Székely Sándor püspök, történetíró, költő (Irodalmi próbálkozása a „Székelyek Erdélyben” 1823-ban került Vörösmarty kezébe, és ennek hatására írta meg a költő-fejedelem - saját bevallása szerint - Zalán futását), Darkó Mihály tankönyvíró; nyárádgálfalvi Szentiványi Mihály, a "Bekecs alatt Nyárád-tere" és más dalok írója; Kriza János püspök, akadémikus népköltészeti gyűjtő; Berde Mózes, a legnagyobb alapítványozó és 1848/49 legendás alakja; Jakab Elek akadémiai tag, jeles történész; Pap Mózes, Nagy Lajos, Marosi Gergely, Simén Domokos, Buzogány Áron, Benczédi Gergely - tanárok, egyházi írók; Bedő Albert államtitkár; dr. Iszlai József budapesti egyetemi tanár; Sándor Mózes kör-tanácsos, tanfelügyelő; Kozma Ferenc kör-tanácsos, akadémiai tag, tanfelügyelő, Szabó Gyula író.
Iskolánk tanulói voltak dr. Kovács Lajos és dr. Szabó Árpád unitárius püspökök is. Balázs Ferenc lelkész és író bentlakási felügyelőként, míg Gellérd Imre lelkész, egykori politikai fogoly bentlakási felügyelőként és tanárként működött iskolánkban.
Az iskola tanulóinak támogatására sok alapítvány alakult. Jelentősebb alapítványok, adományok a Koncz János, ifj. Demeter János, Augusztinovics Sámuel, Orbán Balázs, Derzsi János nevéhez fűződnek.
A legjelentősebb adomány Berde Mózes nevéhez fűződik, aki már életében sokszor adományozott az unitárius közösség számára (adományai elsősorban a kolozsvári és székelykeresztúri iskolákat, illetve különböző egyházközségeket részesítettek előnyben). Mégis, legfontosabb adományát a végrendeletében elrendeltek jelentették, mely szerint az unitárius egyházat tette vagyonai örökösének, bizonyos feltételek teljesítése mellett. A végrendelet harmadik paragrafusában a székelykeresztúri gimnázium részére 100.000 forintot, a kolozsvári főiskolára
ugyancsak 100.000 forintot adományozott. A negyedik paragrafusban a fennmaradó pénzei kamatjának 2/5-ét tőkésíteni, 3/5-ét elkölthetőnek rendeli megjelölt iskolai és egyházi célokra. A nyolcadik paragrafusban nagybúni birtoka jövedelméből alapítványt tesz Kolozsvárott 100, Tordán és Székelykeresztúron 50-50 tanuló részére (Berde-cipó). Az ő alapítványának köszönhetően számos nehéz sorsú fiatal végezhette tanulmányait Székelykeresztúron.1942-ben, az akkori Báró Orbán Balázs Unitárius Főgimnázium volt diákjai és tanárai, valamint a Székelykeresztúri Unitárius
Egyházkör lelkészei létrehozták a Gyámszülői Közösség Alapítványt a szegényebb sorsú diákok segélyezése és tanulmányi előre menetelük segítése céljából, mely alapítvány 1948-ig működhetett. 1993. február 15-én ezen alapítványt újból életre hívták, mely ma is működik, eredeti rendeltetésének megfelelően.







